13:56
Comentarii Adauga Comentariu

_ Cunoștințe despre viruși deblocate de noile tehnologii metagenomice

_ Cunoștințele despre viruși deblocate de noile tehnologii metagenomice< /h3>

Tehnicile de secvențiere metagenomică permit studiul microbiomilor din tot felul de habitate, iar utilizarea acestora pentru a explora fagi (genomi bacteriofagi integrati în cromozomul bacterian circular) a extins cunoștințele despre virusurile care se integrează în genomul bacterian și despre cum beneficiază aceștia. gazdele lor.

Universitatea Flinders Ph.D. candidata Laura Inglis – parte a laboratorului Flinders Accelerator for Microbiome Exploration (FAME), un grup de cercetare interdisciplinară de la Colegiul de Știință și Inginerie al Universității Flinders – a subliniat avantajele noilor sale cercetări publicate privind transformarea fagilor.

Lucrarea, „How Metagenomics Has Transformed Our Understanding of Bacteriophages in Microbiome Research”, de Laura Inglis și Robert Edwards, a fost publicată în jurnalul Microorganisms.

„Microbiomul este o parte esențială a majorității ecosistemelor, dar a fost deosebit de dificil să studiezi microbiomii din tot felul de habitate”, spune doamna Inglis. „Secvențierea metagenomică schimbă acest lucru. Este utilă în special pentru găsirea fagilor din multe condiții diferite de mediu, dar mulți genomi sunt adăugați la bazele de date fără includerea de metadate complete.

„Potând sorta automat aceste secvențe într-un ontologia de mediu ar permite ca aceste secvențe să fie utile în proiecte viitoare, dar avem nevoie de date considerabil mai de înaltă calitate pentru a determina cum să sortăm cel mai bine aceste secvențe.”

Numărul tot mai mare de secvențe încărcate în bazele de date online a atât avantaje, cât și dezavantaje. Înseamnă că sunt disponibile mai multe date pentru utilizare, dar gestionarea unei cantități atât de mari de date devine imposibil de gestionat.

„Există multe provocări în gestionarea metagenomurilor, dar utilizarea învățării automate pentru curatarea automată. ar putea atenua unele dintre probleme", explică doamna Inglis.

Fagii joacă un rol important în microbiomul multor specii și în diferite medii. Își pot proteja gazda de infecții mortale și oferă gazdei lor acces la gene benefice, cum ar fi rezistența antimicrobiană sau producția de toxine, dar modul în care fagii interacționează cu gazda lor se schimbă în funcție de mediu.

„Mai mulți factori influențează dacă bacteriofagii aleg liza sau lizogenia și mai multe ipoteze diferite. încearcă să explice de ce unele medii au rate mai mari de liză sau lizogenie”, spune doamna Inglis.

Multe studii au examinat fagii în medii și condiții diferite, dar se uită doar la câteva medii sau condiții diferite la un moment dat. Doamna Inglis spune că, profitând de numărul mare de metagenom online, ar putea permite un studiu mai amplu care să examineze ratele de liză și lizogenie în multe medii diferite simultan, dar recunoaște că problemele legate de curatarea genomurilor trebuie rezolvate mai întâi.

Cercetătorii au efectuat multe studii asupra fagilor din diverse medii și au dezvoltat ipoteze cu privire la factorii care influențează strategiile de supraviețuire, cum ar fi decizia litică/lizogenă, deși trebuie învățate mult mai multe despre modul în care profagii interacționează cu gazdele lor în diferite condiții. condiții.

„Aflarea mai multe despre metagenom și profage ar putea oferi multe perspective asupra sănătății umane și a mediului, iar obținerea unei mai bune înțelegeri a ceea ce ar trebui să fie un microbiom sănătos ne poate permite să detectăm modificări mai rapid sau mai precis în microbiom. asta ar putea fi un semn de boală”, spune doamna Inglis.

O problemă legată de utilizarea datelor metagenomice cu acces deschis este aceea că secvențele adăugate la baza de date De multe ori au puține metadate cu care să lucreze, așa că găsirea unor secvențe suficiente poate fi dificilă. Multe metagenome au fost curatate manual, dar acesta este un proces care consumă mult timp și se bazează în mare măsură pe încărcătorul pentru a fi precis și minuțios atunci când completează câmpurile de metadate, iar curatorii să lucreze cu aceleași ontologii.

Folosirea algoritmilor pentru sortarea automată a metagenomurilor pe baza fie a profilului taxonomic, fie a profilului funcțional poate fi o soluție viabilă la problemele legate de metagenomuri selectate manual, dar necesită ca algoritmul să fie antrenat pe seturi de date îngrijite cu atenție și să utilizeze cel mai informativ profil posibil pentru a minimiza erorile.

Lucrul doamnei Inglis despre microbiomul intestinal este una dintre cele șapte lucrări recente de la laboratorul FAME al Universității Flinders, grupul de cercetare interdisciplinar oferind acces la microbiom și metagenomică. resurse care ajută la accelerarea cercetării microbiomului.

Alte publicații recente semnificative din laboratorul FAME includ cercetarea lui Vijini Mallawaarachchi privind un nou instrument de bioinformatică pentru a asambla genomuri din datele genomului multi-bacterian; Ph.D. Cercetarea studentului Lias privind funcțiile microbiene asupra sănătății coralilor (cu colegul doctorand Bhavya Papudeshi) și revizuirea ei a ecofiziologiei unei singure specii de corali în condițiile actuale de mediu ale recifelor de corali din Caraibe; şi doctorat. studenta Susie Grigson despre cum să folosiți matematica avansată și informatica cu biologia pentru a ajuta la înțelegerea microbilor și a ceea ce fac aceștia.

Laboratorul FAME a fost creat de Robert Edwards, Matthew Flinders Fellow în Bioinformatică, care coordonează analiza computațională de secvențe de ADN asociate cu microbiomul, împreună cu Elizabeth Dinsdale, Matthew Flinders Fellow in Marine Biology, ale cărui cercetări folosesc genomica pentru a investiga biodiversitatea și ecologia microbilor și virușilor de pe recifele de corali, pădurile de alge și epiderma de rechini.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Coincidențe ciudate: evenimente sau fapte ale lui Dumnezeu?

_ Curtea de apel respinge procesul lui Trump pentru căutarea în Mar-a-Lago...

_ HARRY TRAILER DROPS!

_ Maestrul special oprit...

_ CRYPTO CREEP PRETENȚE FĂRĂ FRAUDE...

_ STUDIU: Stresul pandemic a făcut ca creierul adolescenților să îmbătrânească fizic mai repede...

_ Fotografiile de top din 2022 de la AP surprind o planetă care explodează...

_ INFOWILD! Alex Jones îi găzduiește pe Kanye și Fuentes...

_ Oamenii care aplaudă sfârșitul umanității...

_ HACKING CREIER

_ Nu încerc să fiu șocant...

_ MAI MULT PALAT RASCISM STORM...

_ Bărbatul pledează vinovat pentru rolul din revoltele din 6 ianuarie; Poate risca zeci de ani de �nchisoare...

_ CNN concediază HIT TALENT...

_ GANNETT toacă alte 200...

_ Lava din Mauna Loa la mai puțin de 4 mile de autostrada cheie!

_ MAIMUȚE DE MOC

_ Vaticanul plin de teorii ale conspirației în timp ce hackerii lovesc...

_ APPLEDISNEY Zvonuri HEAT...

_ „Iubește naziștii”...

_ Cramer Rips „Total Con Artist”...

_ ROILS NETFLIX...

_ Egiptul cere Muzeului Britanic să returneze piatra Rosetta...

_ SIMON COWELL, TU ESTI?

_ Pe măsură ce inflația se uşurează, disponibilizările urmează?

_ Yellen dă vina pe „splurging”...

_ Lista ținte...

_ UE are o problemă de spionaj -- greu de prins...

_ Firmele tehnologice au „facilitat” frauda cu ajutorul covid...

_ Creșterea numărului de asasinate iraniene, comploturile de răpire îi alarmează pe oficialii occidentali...

_ ANDROID...

_ EXPERIMENTE ORIFICANTE!

_ JUDECĂTORUL MAGA A MENSAT...

_ TESLA emite cea de-a 20-a rechemare a anului...

_ Pe TIKTOK, mass-media de stat chineză difuzează videoclipuri divizoare despre politicienii americani...

_ Fiica primarului ales al LA, rănită într-un accident de lovitură și fugă...

_ RECENZIE: Will Smith Brutal Slave Epic este un film B cu Delusions of Grandeur...

_ VA IERTA VREODATĂ H'WOOD PLAMELA?

_ Noul AI al lui META, priceput la un joc nemilos, care caută putere...

_ ACTUALIZARE: APLICAȚIA DRUDGE IPHONE, IPAD...

_ Instinctele braconierului lui Morata salutate în timp ce scorurile atacanților continuă încărcarea cu cizma de aur la Cupa Mondială

_ Romania's Lipizzan horse breeding tradition inscribed in UNESCO list

_ Soldier proposes to girlfriend before joining National Day parade

_ Țările de Jos vs SUA Cupa Mondială 2022 - Știri echipe, ora de start, canal TV, stream, față în față

_ Ce s-a întâmplat cu ducele și ducesa de Argyll DUPĂ un scandal foarte britanic?

_ Bros se pregătește să înregistreze primul lor album în trei decenii anul viitor

_ Elon Musk prevede un dezastru economic. Ce sfaturi are cel mai bogat om din lume

_ Over 230,000 travelers cross Romania's borders in past 24 hrs

_ Avionul privat Lockheed 1329 JetStar al lui Elvis Presley din 1962 va fi scos la licitație

_ Experimental Alzheimer's treatment slows cognitive decline, 'but it doesn't stop' the disease

_ Protests in South Africa over release of anti-apartheid leader's killer

_ Ivory Coast beach resort attack trial opens

_ Activista aflată în centrul furtunii rasei regale susține că NU a primit niciun contact de la Palat

_ Șoc la Cupa Mondială - Germania pleacă acasă! A pierdut Spania intenționat pentru a evita Croația în optimi?

_ 'Je suis une baguette!' Fan irlandez de fotbal lăudat de Lineker și Macron pentru clipul Cupei Mondiale

_ Macron in Washington: Trade tops agenda ahead of state dinner with Biden

_ Davina McCall își pune un etaj cu picioare într-un costum verde cu paiete

_ Ashanti susține că un producător i-a cerut sex la duș ca plată pentru înregistrările de studio sau i-a plătit 40.000 de dolari

_ CHIAR �N: Curtea Supremă va revizui planul de iertare al �mprumutului pentru studenți al lui Biden

_ Senatorul GOP, Mike Braun, candidează pentru guvernatorul Indianei, deschiderea unui loc �n Senat


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6

Nr. de articole la aceasta sectiune: 319, afisate in 6 pagini.



ieri 02:07