15:39
Comentarii Adauga Comentariu

_ Studiul oferă o abordare puternică de modelare computerizată a simulărilor celulare

_ Studiul oferă un abordare prin modelare computerizată a simulărilor celulare

Un raport de referință de la Universitatea din Kansas, apărut săptămâna aceasta în Proceedings of the National Academy of Sciences, propune o nouă tehnică de modelare a vieții moleculare cu ajutorul computerelor.

Potrivit autorului principal Ilya Vakser, director al Programului de Biologie Computațională și Centrului de Biologie Computațională și profesor de bioștiințe moleculare la KU, investigația în modelarea computerizată a proceselor vieții este un pas major către crearea unei simulări de lucru a unei celule vii la rezolutie atomica. Avansul promite noi perspective asupra biologiei fundamentale a unei celule, precum și un tratament mai rapid și mai precis al bolilor umane.

„Este de aproximativ zeci sau sute de mii de ori mai rapid decât tehnicile existente de rezoluție atomică. ”, a spus Vakser. „Acest lucru oferă oportunități fără precedent de a caracteriza mecanismele fiziologice care acum sunt mult dincolo de atingerea modelării computaționale, de a obține informații despre mecanismele celulare și de a folosi aceste cunoștințe pentru a îmbunătăți capacitatea noastră de a trata boli.”

Până acum, Un obstacol major în calea modelării celulelor prin intermediul computerului a fost modul de abordare a proteinelor și a interacțiunilor lor care se află în centrul proceselor celulare. Până în prezent, tehnicile consacrate pentru modelarea interacțiunilor proteinelor au depins fie de „acoperirea proteinelor”, fie de „simularea moleculară”.

Conform investigatorilor, ambele abordări au avantaje și dezavantaje. În timp ce algoritmii de andocare a proteinelor sunt grozavi pentru eșantionarea coordonatelor spațiale, ei nu țin cont de „coordonatele de timp” sau dinamica interacțiunilor proteinelor. Prin contrast, simulările moleculare modelează bine dinamica, dar aceste simulări sunt prea lente sau cu rezoluție scăzută.

„Studiul nostru de dovadă a conceptului face legătura între cele două metodologii de modelare, dezvoltând o abordare care poate atinge intervale de timp fără precedent de simulare. la rezoluția totală a atomului”, au scris autorii.

Colaboratorii lui Vakser la lucrare au fost Serghei Grudinin de la Universitatea Grenoble Alpes din Franța; Eric Deeds de la Universitatea din California-Los Angeles; Nathan Jenkins, doctorand la KU și Petras Kundrotas, profesor asistent de cercetare la Programul de biologie computațională al KU.

După ce a conceptualizat cum să combine cel mai bine avantajele celor două abordări de modelare a proteinelor, echipa a dezvoltat și codificat un algoritm pentru a conduce noua simulare.

„Cea mai dificilă provocare a fost de a dezvolta algoritmul care reflectă în mod adecvat ideea de bază simplă a abordării”, a spus Vakser.

Dar odată ce au făcut această descoperire, au ar putea să se apuce de validarea noii proceduri.

„Paradigma a fost ușoară – o lovitură de claritate”, a spus Vakser.

„Abordările existente de simulare petrec cea mai mare parte a timpului de calcul călătorind în zonele cu probabilitate scăzută sau cu energie înaltă ale sistemului. Știm cu toții unde sunt aceste zone. În schimb, ideea a fost să eșantionăm sau să călătorim doar în zonele cu probabilitate ridicată și cu energie scăzută și să omitem cele mai scăzute. -cele de probabilitate prin estimarea ratelor de tranziţie între stările cu probabilitate mare.Paradigma este la fel de veche ca modelarea biomoleculară în sine și a fost utilizată pe scară largă încă de la începutul erei modelării cu zeci de ani în urmă.”

Dar Vakser a spus până la noua lucrare a echipei sale, abordarea nu a fost aplicată cineticii interacțiunilor proteinelor în mediul celular, centrul studiului lor.

„Deoarece există mult mai puține stări cu probabilitate mare decât cele cu probabilitate scăzută, asta ne-a oferit un câștig uriaș în viteza de calcul – de la zeci la sute. de mii de ori”, a spus Vakser. „Acest lucru a fost făcut fără pierderea aparentă a preciziei. Se poate argumenta că a fost câștigată acuratețea, deoarece protocolul de simulare se bazează pe tehnicile de „docking”, care sunt concepute special pentru caracterizarea ansamblurilor de proteine”.

Cercetatorul KU a spus că metoda sa de simulare celulară ar putea fi utilizată pentru a cerceta sănătatea umană și a trata bolile cu un nou nivel de precizie.

„Abordarea poate fi folosită pentru a studia căile moleculare. mecanismele de bază ale bolii”, a spus Vakser. „Poate fi folosit pentru a determina efectele dăunătoare ale mutațiilor genetice prin modelele modificate ale asociațiilor de proteine ​​– mutațiile genetice provoacă modificări în structura proteinelor, care la rândul lor afectează asocierea proteinelor. Sau ar putea fi folosit pentru a identifica ținte pentru proiectarea medicamentelor prin detectarea elementelor critice în modelele de asociere a proteinelor.”

Conform lui Vakser, noua tehnică de simulare oferă multe căi de cercetare promițătoare de explorat în viitor.

„Printre acestea se numără adaptarea abordării la interacțiunile proteinelor cu acizii nucleici, ARN-ul și ADN-ul”, a spus el. „De asemenea, am dori să ținem cont de flexibilitatea formelor moleculare, să corelăm cu spectrul în curs de dezvoltare rapidă de studii experimentale ale mediului celular și să aplicăm procedura unui model al unei celule reale, cu componentele sale moleculare reale împachetate împreună”.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Sunt o celebritate: fanii îl critică pe Mike Tindall pentru „bullying”-ul lui Matt Hancock în timpul provocării Celebrity Cyclone

_ Gândurile lui Luis Enrique cu fiica răposată la Cupa Mondială

_ Trump, figura de demitere, Alexander Vindman pleacă �n război �mpotriva lui Elon Musk

_ Biserica Catolică a fost vandalizată cu penisuri vopsite cu spray pentru a doua oară �n șase luni

_ Vedete precum Billie Eilish și Rami Malek ies la gala de decernare a premiilor Earthshot a Prințului William din SUA

_ Cara Delevingne spune că realizarea unui documentar Planet Sex a schimbat viața

_ Aubrey Plaza arată noi plete blonde în timpul cursei de covrigi în timpul unei scurte pauze de la programul agitat

_ „Vom folosi toată puterea și vom merge spre victorie”: Luis Enrique insistă că Spania nu va lua Japonia cu ușurință

_ Shia LaBeouf este un tată îndrăgostit care își poartă fiica cu iubita Mia Goth la Disneyland

_ Bărbat din NJ condamnat pentru uciderea EMT �Pentru că era alb�

_ Luis Enrique glumise că lucrurile merg prea bine pentru echipa sa din Spania la Cupa Mondială

_ Chris Brown urmează un turneu în Australia pentru prima dată de când i s-a refuzat intrarea în 2015

_ Fanii fac comentarii rușinoase despre jucătorul evreu Harry Sheezel înaintea draftului AFL de la Melbourne

_ Met Protecția poliției rămâne la sediul londonez al canalului de știri Iran ai cărui jurnaliști au fost amenințați cu moartea

_ Fanii din Qatar acuză Germania de IPOCRIZIE în timpul meciului cu Spania, ținând fotografii cu Mesut Ozil

_ Matchmaker dezvăluie singurul lucru pe care femeile nu ar trebui să-l facă niciodată dacă vor să-i placă unui bărbat

_ Sir David Attenborough va duce telespectatorii într-o călătorie digitală audiovizuală la 360 de grade

_ Moartea unei femei din Sydney din cauza bolii legionarilor determină un avertisment urgent pentru grădinarii australiani

_ Strictly Come Dancing: Ellie Taylor îi aduce un omagiu lui Johannes Radebe

_ Sunt o celebritate 2022: primele cuvinte ale lui Mike Tindall către soția regală Zara Tindall pe pod

_ Acum, SNP al lui Nicola Sturgeon spune că decizia instanței împotriva IndyRef2 va crește sprijinul pentru separatism

_4 Media Info - 27 Nov 2022 21:16:45

_ CHRIS FOY: Niciun progres în Anglia, doar un eșec total - dar tot ce vom obține va fi o revizuire de văruire

_ O polițistă a fost suspendată pentru că a înființat site-ul de pornografie neplăcut OnlyFans a părăsit Scotland Yard

_ Tom Brady devine SKUNKED! Browns l-au învins pe Bucs în timpul vizitei unui mamifer mic și mirositor

_ Militanţii Al Shabaab au atacat un hotel din capitala Somaliei

_ Tom Brady devine SKUNKED! Browns l-au învins pe Bucs în timpul vizitei unui mamifer mic și mirositor

_ VEREDICTUL LUI CHRIS FOY NATIUNILE DE TOAMNĂ: Boks și All Blacks lansează Franței un avertisment la Cupa Mondială

_ Mauricio Pochettino susține că Jamal Musiala „este unul dintre cei mai buni jucători tineri din lume”

_ Sunt o celebritate 2022: Matt Hancock spune că se simte „atât de recunoscător” că a ajuns în finală

_ Revoltății au incendiat și au aruncat mașini cu cărămizi la Bruxelles după ce Belgia a pierdut în fața Marocului la Cupa Mondială

_ Guvernul irlandez va incrimina discursul instigator la ură, reduc�nd efectiv la tăcere pe cei care au opinii diferite - Pedeapsa este de p�nă la 5 ani de �nchisoare

_ Proaspăt singură, Helen Flanagan, își arată abdomenele incredibile ale plăcii de spălat în două piese metalice

_ Lewis Capaldi surprinde navetiștii locali cântând la pian și cântând cel mai recent single al său

_ �Modelul� brazilian de mărime mare face furie după ce Qatar Airways i-a spus să treacă la clasa I, deoarece este prea grasă pentru un loc economic (VIDEO)

_ Legenda germană Jurgen Klinsmann crede că echipa lui Hansi Flick nu va câștiga Cupa Mondială

_ Camerun: Cel puţin 11 morţi după o alunecare de teren din capitala Yaoundé

_Călin Georgescu - 28 Nov 2022 00:01:52

_ Poate că Spania nu a învins Germania, dar a trecut testul Bayern Munchen la egalitate 1-1 cu Germania

_ Iran: Șoferii de camion s-au alăturat protestelor antiguvernamentale

_ Poliția din Shanghai �l lovește și �l lovește pe reporterul BBC Edward Lawrence �n timpul protestului COVID din China � apoi reține-l ore �n șir (VIDEO)

_ Fanii fac o schimbare hilară la intrarea pe wikipedia a eroului Socceroos Mitchell Duke după golul la Cupa Mondială

_ Kim Kardashian își arată faimoasa silueta în timp ce modelează ciorapii nud SKIMS

_ Mulți morți după o alunecare de teren în Camerun

_ Cum a măturat revolta Covid în China: sute cer ca liderul comunist să demisioneze din cauza blocajelor

_ Cupa Mondială: Germania face egalitate cu Spania

_ Odermatt triumfă în super-G la Lake Louise

_ Revolte izbucnesc la Bruxelles și Rotterdam după ce Marocul a învins Belgia la Cupa Mondială

_ Toulouse slăbește în Top 14 fără Dupont suspendat

_ Minka Kelly este văzută luând cina cu cântărețul Imagine Dragons, Dan Reynolds, la restaurantul LA

_ Un adolescent din Pennsylvania admite că a ucis o fată pe un videoclip pe Instagram care arată picioarele însângerate ale prietenului său, victimă

_ Allison Langdon izbucnește în lacrimi din cauza morții unei persoane dragi după ce a renunțat la emisiunea Today

_ Reporterii iranieni îl acuză pe ofițerul de presă al SUA că a încercat să-i reducă la tăcere după ce i s-a pus o întrebare

_ O femeie din Atlanta îi spune copilului LITTLE NUGGET după ce a născut în toaleta McDonald's

_ Moartea unei femei din Sydney din cauza bolii legionarilor determină un avertisment urgent pentru grădinarii australiani

_ China arestează un jurnalist BBC care acoperă protestele Covid

_ Militanții Al-Shabaab atacă un hotel din capitala Somaliei, Mogadiscio

_ Sunt o celebritate 2022: Matt Hancock este forțat să se confrunte cu creaturi care se târăsc pe capul lui în procesul final

_ Elizabeth Debicki de la The Crown uimește într-o ședință de copertă de inspirație retro pentru Vogue Australia

_ Hugh Jackman și Deborra-Lee Furness „se pregătesc să se mute înapoi în Australia”, după ce locuiesc la New York


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9

Nr. de articole la aceasta sectiune: 523, afisate in 9 pagini.



00:14 Trst