![]() Comentarii Adauga Comentariu _ Inserțiile repetate terminale lungi la scară largă au descoperit că produc un set semnificativ de transcrieri noi în bumbac![]() _ La scară largă lung Se știe că inserțiile repetate terminale produc un set semnificativ de transcrieri noi în bumbacTE (elemente transpozabile), în special LTR, sunt cunoscute că joacă un rol important în determinarea structurii de bază a genomului și în influențarea expresiei genelor funcționale. . Inserarea fragmentelor TE sau LTR poate crea, de asemenea, noi situsuri de pornire a transcripției (TSS) pentru a iniția transcripția în genomul gazdă. S-a crezut că noi transcrieri intergenice sunt create prin inserții terminale repetate de retrotranspozon folosind o combinație de strategie de novo și bazată pe omologie la porumb. Deși aceste studii au prezis posibilitatea unor noi producția de transcriere prin inserarea transpozonului, ele nu dezvăluie mecanismele evolutive, de reglementare și funcționale ale acestor noi transcrieri. În plus, până acum nu există nici măcar un studiu sistematic privind extinderea producției de transcripții intergenice la nivel genomic. Într-un studiu publicat în revista Science China Life Sciences, Yuxian Zhu și colegii lor au aplicat extrem de profund -tehnici de secvențiere (de la 10 G la peste 100 G) în fiecare probă de bumbac pentru a descoperi mai mult de 10.000 de gene noi care în mare parte nu au fost identificate în asamblarea și adnotările anterioare ale genomului. Cele mai multe dintre aceste transcrieri au fost de natură codificatoare de proteine și au fost create prin inserții LTR în diferite moduri. Echipa a descoperit că mai multe transcrieri au apărut în principal în regiunile intergenice, așa cum au fost identificate în genomul publicat anterior. În setul de date de 100 G, au fost descoperite un total de 10.284 de noi gene intergenice. În total, 10.032 sunt gene care codifică proteine și 252 au fost gene lncARN. Nu a existat o creștere semnificativă a numărului de gene genice între aceste două grupuri. În general, aceste noi transcrieri intergenice au fost exprimate la niveluri foarte scăzute, iar cele mai multe dintre ele erau transcrieri cu un singur exon. Aceste noi transcrieri intergenice au apărut doar atunci când adâncimea de secvențiere a ajuns la 30 G până la 100 G din cauza lor scăzută. nivelul de expresie. Analiza ChIP-seq cu anticorpi împotriva H3K4me3, H3K27ac și H3K9me2 a arătat că majoritatea acestor noi transcrieri ar putea să nu fie transcrise de ARN polimerazaⅡ. Doar 30% dintre aceste transcrieri intergenice posedau unul sau doi markeri de activare a transcripției, în timp ce mai mult de 70% dintre genele genice conțineau acești markeri. Analiza MNase-seq a arătat că genele fără markeri de activare a transcripției și-au format +1 și -1 nucleozomi semnificativ mai strâns (la doar 117±1,4 bp unul de celălalt), în timp ce spațiile de două ori mai mari (aproximativ 403,5±46,0 bp distanță) au fost găsite pentru genele cu markeri de activare. Genele fără unul dintre acești doi markeri intenționează să formeze -1 nucleozomi în imediata vecinătate a nucleozomilor lor +1. Acest lucru poate împiedica legarea ARN polimerazei. Analiza evolutivă a arătat că genele genice au apărut în timpul unuia dintre evenimentele de duplicare a genomului în jurul anilor 130,8 sau 16 MYA, în timp ce transcrierile ITG au fost dezvoltate în jurul a 2,3 MYA, rezultând din ultima inserție de retrotranspozon. Caracterizarea acestor transcripte ITG cu transcrie scăzută ne va ajuta să înțelegem rolurile biologice ale retrotranspozonilor în timpul speciației și diversificărilor. Acest studiu poate ajuta la elucidarea mecanismelor legate de expresia transcriptului intergenic și dezvoltarea fibrei de bumbac.
Linkul direct catre PetitieCitiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:
|
02:50
_ Marea Demoralizare
ieri 21:00
_Marius Tucă Show - 27 Sep 2023 18:54:58
ieri 21:00
_Marius Tucă Show - 27 Sep 2023 18:55:28
ieri 21:00
_Marius Tucă Show - 27 Sep 2023 18:55:55
ieri 21:00
_Marius Tucă Show - 27 Sep 2023 18:56:30
ieri 21:00
_Stiri Negre - 27 Sep 2023 20:30:37
ieri 18:49
_ Acumularea Ryder Cup: Ce au spus
ieri 17:49
_ Rusia îşi securizează graniţa sudică
ieri 16:28
_Gold FM Romania - 27 Sep 2023 14:40:50
ieri 16:28
_Gold FM Romania - 27 Sep 2023 14:58:35
ieri 15:50
_ Curbarea luminii într-un mod record
ieri 15:30
_ Etica acceptării donațiilor contaminate
ieri 14:23
_ Se apropie o criză: cine înoată gol?
ieri 14:21
_Gold FM Romania - 27 Sep 2023 12:46:24
ieri 14:21
_Gold FM Romania - 27 Sep 2023 14:09:57
|
Comentarii:
Adauga Comentariu