01:55 2023-01-31
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Descoperirea microbilor unici simplificată cu noua platformă software
_ Descoperirea microbilor unici simplificată cu noua platformă software
Microbii sunt esențiali pentru viața pe Pământ. Aceste organisme minuscule joacă un rol major în orice, de la transformarea luminii solare în moleculele fundamentale ale vieții. Ele ajută la producerea multor oxigen din atmosfera noastră. Ei chiar ciclează nutrienții între aer și sol. Oamenii de știință găsesc în mod constant interacțiuni între microbi și plante, animale și alte forme de viață macroscopice.
Pe măsură ce secvențierea genomică a avansat, cercetătorii pot investiga nu numai microbii izolați, ci și comunitățile întregi de microorganisme, cunoscute sub numele de microbiomi. asupra ADN-ului găsit într-un mediu. Genoamele extrase din aceste comunități (secvențe metagenomice) pot identifica organismele care desfășoară procese biogeochimice, contribuie la sănătate sau boli în microbiomii gastrointestinali umani sau interacționează cu rădăcinile plantelor din rizosferă.
Departamentul de Energie. Systems Biology Knowledgebase (KBase) a lansat recent o suită de caracteristici și un protocol pentru efectuarea unei analize sofisticate a microbiomului care poate accelera cercetarea în ecologia microbiană.
Adoptarea pe scară largă a secvențierii ADN în microbiologie a generat cantități uriașe de date genomice. . Cercetătorii au nevoie de instrumente de calcul pentru a recupera genomi de înaltă calitate din probe de mediu pentru a înțelege ce organisme trăiesc într-un mediu și cum ar putea interacționa. Combinația de instrumente de utilizare, date și bioinformatică într-o resursă online publică face din KBase o platformă web unică puternică pentru îndeplinirea acestei sarcini.
Aceste noi caracteristici ale KBase vor permite biologilor să obțină genomuri din secvențe de microbiom cu ușurință. -software de utilizare alimentat de resursele de calcul ale Departamentului de Energie. Acest lucru va reduce timpul necesar procesării datelor de secvențiere și caracterizarii genomilor. Oamenii de știință pot folosi KBase pentru a analiza în colaborare datele genomice și pentru a construi comunități de cercetare pentru a rezolva probleme comune în ecologia microbiană.
Obținerea genomilor microbilor necultivați direct din mediu folosind secvențierea ADN-ului este un progres recent care permite oamenilor de știință să descopere și caracterizează organisme noi. Secvențierea ADN-ului tuturor microbilor dintr-un mediu dat produce un „metagenom”. Efectuarea analizei genetice a metagenomului a apărut ca o modalitate de a explora trăsăturile și comportamentele microbiene și interacțiunile comunității într-un context de mediu.
Metodele de obținere a genomilor asamblați în metagenom (MAG) au grade diferite de succes, în funcție de tehnici folosite. Un număr tot mai mare de cercetători generează secvențe de microbiom, dar mulți nu au acces imediat la expertiza, instrumentele și resursele computaționale necesare pentru extragerea, evaluarea și analiza genomului lor.
Echipa KBase a adăugat și a actualizat mai multe instrumente de analiză a metagenomului, tipuri de date și capacități de execuție pentru a oferi cercetătorilor instrumentele care accelerează descoperirea genomurilor microbiene și descoperă potențialul genetic al comunităților microbiene.
Recenta lor lucrare din Nature Protocols prezintă o serie de pași de analiză. , folosind aplicații KBase și produse de date pentru extragerea MAG-urilor de înaltă calitate din metagenom. Aceste capabilități, inclusiv calcularea, stocarea datelor și partajarea datelor și analizelor, sunt oferite publicului gratuit prin intermediul platformei web KBase. Acest protocol permite oamenilor de știință să genereze genomi presupusi din organisme care se găsesc numai în mediu și să le analizeze cu instrumente pentru a înțelege cine sunt, ce fac, cu cine interacționează și rolul lor în ecosistem.
Comentarii:
Adauga Comentariu