_ Cracarea genomul perelor: modul în care elevii au ajutat la deblocarea unui nou instrument pentru industria perelor

Perele sunt afaceri mari în Pacificul de nord-vest al SUA. Dar știați că creșterea tradițională a perelor a rămas în mare parte neschimbată de secole?

Acest proces lent este dificil și costisitor, necesitând angajamentul pe termen lung al forței de muncă, materialelor și resurselor spațiale. Cu toate acestea, creșterea tradițională a perelor ar putea primi un ajutor din partea genomică, datorită unei colaborări unice între studenți, oameni de știință și industria perelor, promovată printr-o inițiativă numită American Campus Tree Genomes (ACTG).

ACTG sa născut. din dorința a doi profesori de a comemora arborii emblematici Toomer's Oak ai Universității Auburn, care au fost otrăviți în timpul sezonului de fotbal 2010 al Universității Auburn. Planul lor: secvențiază ADN-ul stejarului și creează primul genom de referință de stejar viu. Pentru a îndulci ghiveciul, ei au decis să creeze un curs de un semestru, astfel încât studenții efectivi Auburn să poată lua parte la secvențierea stejarilor Auburn.

„ACTG folosește arbori iconici și valoroși din punct de vedere economic pentru a reduce decalajul dintre studenți. și genomica de ultimă oră”, spune co-fondatorul ACTG Alex Harkess, Ph.D. „Studenții adună, analizează și publică în colaborare genomul arborilor în reviste de prestigiu, dobândind o experiență neprețuită.”

Primul semestru a fost un succes, în ciuda faptului că majoritatea studenților nu au scris niciodată un manuscris, nu au realizat bioinformatică în linie de comandă sau angajat în munca moleculară de genomica plantelor. Acesta a declanșat inițiativa ACTG la nivel național, care a fost fondată oficial în 2021 de Alex Harkess, Ph.D., cercetător al facultății la Institutul HudsonAlpha pentru Biotehnologie și Les Goertzen, Ph.D., director al Herbarului John D. Freeman din Auburn. Universitatea.

Alte instituții pot reproduce experiența folosind propriile arbori campusuri ca o rampă de lansare pentru eforturile științifice și educaționale.

ACTG perturbă modelele academice tradiționale, oferind studenților un punct de intrare unic în lumea cercetării genomice. Inițiativa transcende învățarea manualelor, scufundând participanții în procesul real de asamblare, analiză și publicare a genomului arborelui în reviste științifice apreciate.

Studenții acestui curs au acces la tehnici de ultimă oră de secvențiere a genomului și abilități bioinformatice prin experți de la HudsonAlpha. Lucrând la proiecte de cercetare autentice cu rezultate tangibile, studenții câștigă încredere și experiență, modelându-și traiectorii către cariere de succes în domeniul în continuă evoluție al genomicii.

„Acest curs este o oportunitate primitoare pentru studenți și cursanți de a nu doar să interacționeze cu o idee complet nouă, ci să devină priceput în ea, indiferent de nivelul lor de abilități. Nu aveam experiență anterioară cu bioinformatica și am ieșit cu un set de abilități complet nou, foarte ușor de comercializat", spune Harrison Estes, de la Universitatea Auburn. 23 de absolvenți care au participat la clasa de genom al perelor. În prezent, este student absolvent la Universitatea din Wisconsin și consideră că clasa ACTG l-a ajutat să atingă acest obiectiv.

Accentul pus pe participarea studenților se extinde dincolo de pregătirea tehnică. ACTG abordează în mod activ barierele în calea intrării și persistenței STEM, oferind oportunități valoroase pentru persoanele care nu au acces la tehnologii avansate. Echipa ACTG caută să participe la universități și colegii mici, colegii comunitare și juniori și HBCU care nu au conducte mature de pregătire în genetică și bioinformatică.

Puterea transformatoare a ACTG depășește dotarea studenților cu abilități și experiență neprețuite. Aprofundând în proiecte de cercetare din lumea reală, participanții ACTG își traduc cunoștințele în aplicații tangibile care beneficiază în mod direct comunitatea științifică și industriile importante din punct de vedere economic.

În cazul industriei perelor, o cohortă de studenți Auburn din inițiativa ACTG a lucrat cu experți în pere de la Washington State University și USDA ARS pentru a crea un genom de pere de înaltă calitate. Munca meticuloasă a studenților ACTG a condus la un ansamblu la scară cromozomală complet etapizat, un progres semnificativ față de eforturile anterioare.

Ansamblul genomului d'Anjou, publicat în G3: Genes, Genomes, Genetics, dezvăluie mii de variante genomice care sunt de mare importanță pentru eforturile de ameliorare a perelor. Această resursă de înaltă calitate deblochează o comoară de informații pentru crescătorii de pere. Noul ansamblu de genom este, de asemenea, un instrument important pentru studiile privind evoluția, domesticirea și reproducerea moleculară a perelor.

„Programul ACTG: American Campus Tree Genomes nu numai că a construit resurse genomice de înaltă calitate pentru o valoare valoroasă. soi de pere care, în cele din urmă, va aduce beneficii atât cultivatorilor, cât și consumatorilor, dar a educat aproape 20 de studenți și oameni de știință cu privire la nevoile industriei de mere și pere”, a declarat Ines Hanrahan, Ph.D., Director Executiv, Washington Tree Fruit Research Commission.

(Fluierul)