_ Noul instrument ajută la descifrare comportamentul genelor

Oamenii de știință au cercetat pe larg structura și secvența materialului genetic și interacțiunile acestuia cu proteinele, în speranța de a înțelege modul în care genetica și mediul nostru interacționează cu bolile. Această cercetare s-a axat parțial pe „mărcile epigenetice”, care sunt modificări chimice ale ADN-ului, ARN-ului și proteinelor asociate (cunoscute sub numele de histone).

Marcurile epigenetice influențează momentul și modul în care genele sunt pornite sau oprite. De asemenea, ei pot instrui celulele despre cum să interpreteze și să utilizeze informațiile genetice, influențând diferite procese celulare. Prin urmare, modificările semnelor epigenetice au un impact semnificativ asupra reglarii genelor și a funcțiilor celulare, ceea ce înseamnă că ar putea contribui la apariția bolii. Prin studierea semnelor epigenetice, cercetătorii își pot clarifica rolul în sănătate și boli și pot descoperi noi căi de tratament.

În timp ce cercetătorii pot identifica și compara semnele epigenetice, înțelegerea corelației dintre modificările specifice și modul în care funcționează genele a rămas. provocator. Pentru a ajuta la depășirea acestui lucru, Dr. Dan Ohtan Wang și Dr. Kandarp Joshi au creat un nou instrument numit epidecodeR. Instrumentul ușor de utilizat, publicat în Briefings in Bioinformatics , le permite biologilor să verifice rapid dacă o modificare afectează modul în care o genă răspunde în situații specifice.

„Dacă se găsește o corelație pozitivă, aceasta ar putea motiva oamenii de știință să confirme. descoperirile, ajutându-i să înțeleagă rolul acestor modificări genice în diferite afecțiuni, inclusiv cancerul și tulburările neurologice”, explică Joshi, cercetător la Institutul pentru Științe Integrate Celular-Materiale (iCeMS).

Echipa au folosit metode statistice pentru a clasifica grupuri de gene în funcție de câte modificări au avut. Ei au arătat că EpidecodeR poate prezice rolul unor modificări specifice, cum ar fi modificarea anumitor proteine ​​sau utilizarea medicamentelor, și modul în care acestea ar putea afecta activitatea genelor.

„Am folosit epidecodeR pentru a prezice cu succes modul în care o proteină numită histon deacetilază afectează activitatea genelor”, spune Wang, profesor invitat la iCeMS, care a condus studiul. „De asemenea, am descoperit că epidecodeR este eficient în identificarea substanțelor care pot bloca o altă proteină, numită ARN demetilază și am explorat modul în care modificările proteinelor numite histone ar putea fi legate de abuzul de droguri.”

Cercetătorii intenționează să efectueze. studii suplimentare pentru a îmbunătăți acuratețea și specificitatea epidecodeR. „Vrem să includem mai multe detalii despre unde, cum și câte modificări apar în gene”, spune Joshi. „Pe măsură ce datele devin mai complexe, ne propunem, de asemenea, să oferim utilizatorilor diverse teste statistice pentru a îmbunătăți capacitățile instrumentului.”

(Fluierul)